От автора.
Написал программку для облегчения процесса подписки приложений.
Простая, как дерево. Надеюсь, теперь не будет проблем у вас.
Новая 1.4 версия.
3 метода подписи (выбираем в настройках):
1) Заменить файл
2) Дописать _signed
3) Скопировать в папку
А также, возможность удалить сертификат из файла (деподписать, другими словами).