После длительных скитаний Принц возвращается домой в Вавилон, раздираемый войной. Всю власть в нем прибрал к своим рукам тщеславный Визирь. Некогда цветущий город превратился в кровавое поле брани: Принц должен остановить бессмысленную резню!
Разруха и хаос разорили не только родной город Принца, но коснулись и его разума: внутри себя наш герой находится в постоянном противостоянии с темной, отрицательной, стороной его личности -Черным Принцем, который постепенно порабощает не только его ум, но и тело. И теперь у Принца два заклятых врага - Визирь и его темное Я...
Третий эпизод саги «Пески Времени» вносит новую особенность в игровой процесс: раздвоение личности главного героя позволяет оперировать двумя его сущностями, при необходимости переключаясь от одной к другой. Принц и его двойник обладают разным стилем ведения боя и имеют разное оружие в своем арсенале. Но это - не единственное нововведение: система управления игрой претерпела значительные изменения, появились уровни с гонками на колесницах.
«Два Трона» вне сомнения самая лучшая часть Принца Персии.