Сюжет игры разворачивается параллельно сюжету кинофильма «Звёздные войны. Эпизод III: Месть ситхов». После получения «приказа 66» отряды республиканских клонов-коммандос, как и другие бойцы-клоны, на разных планетах параллельно выполняют ликвидацию джедаев, без исключения объявленных опасными изменниками, подлежащими немедленной казни. Целями подконтрольных игроку отрядов являются несколько ключевых фигур Ордена: Пло Кун, находящийся на планете Кейто Неймодия; Ки-Ади-Мунди на планете Миджето; Оби-Ван Кеноби на планете Утапау; Йода на планете Кашиик. Помимо этого, коммандос совместно с Дартом Вейдером участвуют в штурме Храма джедаев на Корусканте

ВНИМАНИЕ!
- файл от SE K700, на меньших экранах обрезы только в меню.